La historia de Inazuma Eleven 3 sigue a Mamoru Endou, un joven entrenador de fútbol que busca venganza contra el Ogro, un equipo de fútbol misterioso y extremadamente poderoso que ha estado aterrorizando a los equipos de fútbol de todo el mundo. Endou se une al equipo de fútbol de la escuela Raimon, que está al borde de la desaparición, y juntos deben enfrentar al Ogro y otros equipos desafiantes para salvar el fútbol.